Năng lượng thứ cấp là năng lượng mà sinh vật tiêu thụ chuyển đổi thành sinh khối của chính chúng. Những hệ sinh thái khác nhau có mức độ sinh vật tiêu thụ khác nhau, tất cả đều kết thúc bằng một sinh vật tiêu thụ đứng cuối. Hầu hết năng lượng được lưu trữ trong chất hữu cơ của thực vật và khi sinh vật tiêu thụ ăn những thực vật này, chúng sẽ hấp thụ năng lượng này. Năng lượng này trong động vật ăn cỏ và động vật ăn tạp bị động vật ăn thịt tiêu thụ. Ngoài ra còn có một lượng lớn năng lượng trong sản xuất sơ cấp cuối cùng trở thành chất thải hoặc rơi rụng, được gọi là mùn bã. Mùn bã cũng được tiêu thụ bởi sinh vật phân giải, chuỗi thức ăn bắt đầu bằng sinh vật phân giải mùn bã gồm có một lượng lớn vi sinh vật, động vật không xương sống cỡ lớn, động vật không xương sống đáy nhỏ (tiếng Anhː meiobenthos hay meiofauna), nấm và vi khuẩn. Những sinh vật này bị động vật ăn tạp và động vật ăn thịt tiêu thụ, chiếm một lượng lớn năng luọng thứ cấp.[15] Sinh vật tiêu thụ thứ cấp có thể rất khác nhau về hiệu suất tiêu thụ.[16] Hiệu quả của năng lượng truyền cho sinh vật tiêu thụ được ước tính là khoảng 10%.[16] Dòng năng lượng đi qua sinh vật tiêu thụ cao hơn ở môi trường nước so với môi trường trên cạn, chủ yếu do khả năng truyền nhiệt của nước kém hơn đất (nhiệt dung riêng của nước c = 4200 J/kg.K cao hơn nhiều so với nhiệt dung riêng của đất c = 800 J/kg.K), do đó bảo toàn nhiệt độ tốt hơn.

Sản xuất thứ cấp trong môi trường nước

Dị dưỡng đóng góp vào sản xuất thứ cấp, tạo ra năng lượng mà động vật và sinh vật phân hủy sử dụng và nó phụ thuộc vào năng suất sơ cấp tinh.[16] Đa số động vật ăn cỏ và sinh vật phân hủy tiêu thụ carbon từ hai nguồn hữu cơ chính trong hệ sinh thái thủy sinh là nguồn carbon bản địa và ngoại lai.[16] Carbon bản địa đến từ bên trong hệ sinh thái và gồm có thực vật thủy sinh và tảo. Carbon ngoại lai từ ngoài hệ sinh thái chủ yếu là chất hữu cơ chết từ hệ sinh thái trên cạn rơi xuống nước.[16] Trong hệ sinh thái nước chảy, khoảng 66% năng lượng đầu vào thường niên có thể được rửa sạch ở hạ lưu. Lượng còn lại được tiêu thụ và biến mất dưới dạng nhiệt.[17]

Sản xuất thứ cấp trong môi trường trên cạn

Sinh vật tiêu thụ thường có thức ăn ở nhiều bậc dinh dưỡng.[18] Hiệu suất đồng hóa thức ăn được thể hiện bằng lượng thức ăn mà sinh vật tiêu thụ đã ăn, mức độ mà sinh vật tiêu thụ đồng hóa được và mức độ chất thải ra ngoài như phân hoặc nước tiểu. Một phần lớn năng lượng (60 - 70%) hấp thu được từ thức ăn được sinh vật sử dụng để hô hấp, một phần năng lượng khác sẽ chuyển sang sinh khối trong cơ thể sinh vật tiêu thụ.[16] Sinh vật tiêu thụ được chia thành sinh vật tiêu thụ sơ cấp, sinh vật tiêu thụ thứ cấp và sinh vật tiêu thụ bậc cao. Động vật ăn thịt có hiệu suất đồng hóa năng lượng cao hơn nhiều, khoảng 80% và động vật ăn cỏ có hiệu suất thấp hơn nhiều, khoảng 20 đến 50%.[16] Năng lượng trong một hệ thống có thể chịu ảnh hưởng bởi sự di cư/nhập cư của động vật. Sự di chuyển của sinh vật có ý nghĩa trong hệ sinh thái.[17] Mức tiêu thụ năng lượng của động vật ăn cỏ trong hệ sinh thái trên cạn có phạm vi thấp ~3-7%.[17] Sự biến động lượng sản phẩm sơ cấp tinh mà động vật ăn cỏ tiêu thụ nhìn chung là thấp. Điều này trái ngược hoàn toàn với môi trường thủy sinh của hồ và ao, nơi mà động vật ăn cỏ có mức tiêu thụ cao hơn nhiều, khoảng ~33%.[17] Động vật biến nhiệt và động vật đẳng nhiệt có hiệu quả đồng hóa rất khác nhau.[16]